Das Unternehmen metronom Eisenbahngesellschaft mbH wurde im Februar 2002 von den vier Unternehmen Osthannoversche Eisenbahnen AG (OHE), Eisenbahnen und Verkehrsbetriebe Elbe-Weser GmbH (EVB), Bremer Straßenbahn AG (BSAG) und Hamburger Hochbahn AG (HHA) unter dem Namen Metro Rail GmbH gegründet. Aufgrund von Einsprüchen der Handelsgesellschaft Metro Group gegen die Firmenbezeichung wurde der Name im Herbst 2003 in metronom Eisenbahngesellschaft mbH geändert. Die in Uelzen ansässige Gesellschaft wurde im April 2002 als Eisenbahnverkehrsunternehmen (EVU) zugelassen.
Ab dem 14.12.2003 übernahm der metronom die RE-Leistungen der DB Regio AG auf den Strecken Uelzen – Hamburg und Bremen – Hamburg mit einem Volumen von rund 2,6 Mio Zugkilometern pro Jahr. Hierfür wurden von der LNVG - Landesnahverkehrsgesellschaft Niedersachsen mbH bei Bombardier zehn Elektrolokomotiven und 66 Doppelstockwagen bestellt. Aus diesen Fahrzeugen wurden Sechswagenzüge mit rund 690 Sitzplätzen und Achtwagenzüge mit rund 950 Plätzen gebildet. Mit diesem Angebot wurden die Fahrgastzahlen im ersten Betriebsjahr um rund 32 % gesteigert.
Rund zwei Jahre später, zum 11.12.2005 wurde auch der Verkehr zwischen Uelzen und Göttingen mit rund 2,7 Mio Zugkilometern pro Jahr übernommen. Hier sind in der Regel Fünfwagenzüge unterwegs, da in einigen Bahnhöfen die Bahnsteiglänge sonst nicht ausreicht.
Durch eine im Oktober 2006 gewonnene Ausschreibung wurde zum 09.12.2007 auch der Verkehr zwischen Hamburg und Cuxhaven übernommen. Hierfür wurde durch die LNVG bei Bombardier elf Dieselelektrische Loks der Baureihe 246 sowie 36 Doppelstockwagen beschafft. Nach erneuter Ausschreibung geht dieser Verkehr im Dezember 2018 an die DB Regio AG über, die aber das Fahrzeugmaterial unverändert nutzt.
Zusätzlich wurde ebenfalls zum Fahrplanwechsel am 09.12.2007 der Regionalverkehr zwischen Lüneburg und Hamburg sowie zwischen Tostedt und Hamburg übernommen. Für diesen Verkehr sind neun Elektroloks und 42 Doppelstockwagen beschafft worden. Im Bahnhof Lüneburg Nord wurde eine Bereitstellungsanlage errichtet, wo die Züge auch innen gereinigt werden.
Zur Wartung und Reinigung von E-Loks und Waggons entstand in Uelzen an der ehemaligen Strecke nach Dannenberg ein neues Bahnbetriebswerk, das von der OHE betrieben wird. Dort ist auch eine Waschanlage sowie eine Unterflurradsatzdrehbank vom Typ Mobiturn vorhanden. Für die Züge, die mit Dieselloks bespannt zwischen Hamburg und Cuxhaven pendelten, wurde das Werk der Eisenbahnen und Verkehrsbetriebe Elbe-Weser GmbH (EVB) in Bremervörde erweitert. Die Einheiten werden jedoch nur zu Wartungszwecken als Leerreisezüge nach Bremervörde überführt.
Alle Fahrzeuge gehören zum Fahrzeugpool des Landes Niedersachsen und werden vom Land Niedersachsen über die Landesnahverkehrsgesellschaft (LNVG) an die metronom Eisenbahngesellschaft vermietet.
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